Ouvrez, ouvrez les revues scientifiques

Un articlerepris de la revue Binaire une publication sous licence CC by

Binaire : Quelle a été l’idée de départ pour Opscidia ?

SMCL : Nous étions tous les deux passionnés par la science ouverte. Notre vision est que le développement de la publication scientifique en accès ouvert et le développement d’applications, qui permettent de faciliter la diffusion de la connaissance scientifique dans la société au-delà des cercles académiques sont des mouvements qui vont de pair et se nourrissent mutuellement.

Au début, nous voulions tout révolutionner en même temps, et cela reste notre objectif à long terme ! Plus modestement, aujourd’hui, l’essentiel de nos travaux portent sur la diffusion des articles ouverts au-delà des chercheurs académiques. Nous proposons des applications qui s’appuient sur des technologies d’intelligence artificielle pour analyser automatiquement les publications scientifiques en accès ouvert, ce qui permet de réutiliser les résultats de la recherche pour les entreprises qui font de la R&D, et pour les décideurs publics. Nous avons construit une plateforme que nous commercialisons par abonnement.

Et puis, au-delà de ces deux premières cibles, nous voulons aller jusqu’à l’information du grand public. Si les articles scientifiques sont écrits par des chercheurs pour des chercheurs, ils peuvent aussi être de superbes outils pédagogiques pour le grand public.

Notre plateforme permet de naviguer dans la littérature scientifique. Nos utilisateurs peuvent la personnaliser pour leurs besoins propres. Nous avons par exemple travaillé avec la commission européenne et avec l’entrepôt de données ouvert OpenAIRE, un dépôt d’articles scientifiques en open access.

Nous réalisons aussi des projets qui ne sont pas directement liés à la plateforme, en nous appuyant sur nos domaines d’expertise, comme l’analyse automatique de publications scientifiques avec de l’intelligence artificielle.

Opscidia est maintenant une équipe de huit personnes avec des experts en traitement du langage naturel, des développeurs de logiciels et des business développeurs. Nous avons à ce jour une dizaine de clients, parmi eux, la Commission Européenne, pour qui nous analysons les signaux faibles issus des projets de recherche, l’INRAE ou encore la Fondation Vietsch avec qui nous avons développé un fact-checker scientifique.

binaire : Science ouverte (open science), accès ouvert (open access), vous pouvez expliquer aux lecteurs de binaire de quoi on parle.

SMCL : Pour nous, l’idée de l’open science est que la science ne doit pas être réservée aux seuls chercheurs académiques, mais qu’elle doit être partagée par tous. Elle doit donc sortir des murs des universités et des laboratoires de recherche et devenir accessible aux industriels, aux décideurs politiques et aux citoyens. Dans notre société moderne, de nombreux problèmes ne peuvent pas être compris si on ne comprend pas la science en action.

Pour que la science soit ouverte, il faut que les publications scientifiques soient accessibles à tous, c’est l’open access, et il faut que les données scientifiques soient ouvertes à tous, c’est l’open data. L’open science, c’est le cadre général ; l’open access et l’open data sont des éléments de l’open science.

Binaire : Parlons un peu de la manière dont fonctionnent les revues scientifiques.

SMCL : Le « vieux » système des publications scientifiques date d’après la deuxième guerre mondiale. C’est à cette époque que se sont formés les éditeurs scientifiques, et qu’après un processus de fusion/acquisition ils sont devenus les quelques gros éditeurs qui dominent le domaine aujourd’hui.

Les éditeurs mettaient alors en forme les articles, les imprimaient sur du papier, puis diffusaient les revues scientifiques imprimées dans les universités. Tout cela coûtait cher. Les universités et les laboratoires devaient donc payer pour recevoir les revues.

Avec l’avènement d’internet et du web, une grande partie de ce travail a disparu et tout le monde a pensé que les coûts allaient diminuer, que les prix baisseraient en conséquence. Pas du tout ! Il y a eu au contraire création d’un grand nombre de nouvelles revues alors que les prix individuels baissaient peu. Le coût pour les universités a augmenté considérablement au lieu de diminuer.

Ça mérite de s’arrêter un instant sur l’écosystème : des chercheurs écrivent des articles, les éditent en grande partie eux-mêmes maintenant, les soumettent à publications, d’autres chercheurs les relisent (le reviewing) et les sélectionnent. En bout de chaîne, les universités paient. Et les éditeurs ? Ils se contentent de faire payer très cher les abonnements pour juste organiser le processus et mettre les articles sur le web.

A part le fait que la collectivité paie cher pour un service somme toute limité, le processus empêche les chercheurs dans des organisations moins bien dotées que les grandes universités occidentales d’avoir accès aux publications, ce qui est un problème pour le développement de la recherche scientifique.

Ce sont les motivations principales du mouvement open access pour rendre les publications scientifiques accessibles à tous. Ce mouvement s’est beaucoup développé depuis les années 90.

binaire : Comment est-ce que cela fonctionne ?

SMCL : Le monde de l’open access est compliqué. On se perd dans les modèles de publication et dans les modèles de financement des publications. Comme les éditeurs de publications scientifiques ont subi de fortes pressions pour rendre leurs publications ouvertes, ils l’ont fait mais avec des modes tels que cela n’a pas vraiment suffi pour que les gens accèdent à la connaissance contenue dans les publications.

Une solution proposée et promue par les éditeurs est la « voie dorée » (gold open access) : le chercheur paye pour publier son papier et qu’il soit accessible à tous. C’est une première réponse, mais une solution qui ne nous paraît pas optimale parce qu’elle reste coûteuse et que ce ne sont pas les chercheurs qui pilotent le processus. Aujourd’hui, les négociations entre les universités et les éditeurs se font en général au niveau des États. Ce sont de très gros contrats pour se mettre d’accord sur le prix, dans une grande complexité et une relative opacité.

Un modèle alternatif est que tout soit organisé directement par les chercheurs et gratuitement pour tous. Évidemment, il n’y a pas de miracle : il faut bien que quelqu’un paie pour absorber les coûts, par exemple des institutions comme la commission européenne.

L’environnement est encore instable et il est difficile de dire comment tout ça va évoluer.

binaire : Quelle est la pénétration de l’open access, et comment la situation évolue-t-elle ?

SMCL : On mesure ça assez précisément. Le ministère de la recherche publie d’ailleurs un baromètre pour la France. On peut aussi consulter les travaux d’Eric Jeangirard sur le sujet. Il y a aussi des équivalents internationaux. En gros, au niveau mondial 30 à 40% des articles sont en open access.

Les chiffres de pénétration sont très dépendants des domaines de recherche. L’informatique est parmi les bons élèves. Et ce pour beaucoup de raisons : les informaticiens ont l’expertise technique, il y a des bases de publications, il y a la mentalité et la culture de l’open source. Les mauvais élèves sont plutôt l’ingénierie et la chimie. Les sciences humaines et sociales, avec une dépendance plus forte des chercheurs dans les éditeurs du fait de l’importance que joue la publication de livres dans ces disciplines, mais aussi avec beaucoup d’initiatives pour promouvoir l’Open Access, sont dans une dynamique assez spécifique.

Certaines des différences sont fondées. Comparons les publications d’articles dans le domaine médical et en informatique. En informatique, les chercheurs publient souvent leurs résultats en « preprints », c’est-à-dire des versions open access avant publication officielle dans une revue. En médecine, une telle publication peut conduire à des risques sanitaires graves. On l’a vu dans le cas du Covid avec des batailles de publication de preprints. Parmi les 2000 articles par semaine qui ont été publiés sur le coronavirus, beaucoup étaient des preprints, tous n’ont pas été relus par des pairs (peer review), beaucoup ont été abandonnés et n’ont pas eu de suite. Du coup, les chercheurs en médecine sont plus réticents à publier avant que l’article n’ait été accepté pour publication, et ce, même si les preprints permettent en fait d’améliorer la qualité des publications en augmentant la transparence.

Pour terminer, on pourra noter que la diffusion de l’open access est clairement en croissance. C’est ce que montrent les chiffres. Cela vient notamment de règles comme le plan S qui, par exemple, oblige les chercheurs à publier en open access s’ils ont bénéficié de financement de l’Union européenne.

binaire : Est-ce que ouvert ou pas, cela a des impacts sur la qualité des publications ?

SMCL : Les journaux en open access gold ont le même niveau de sérieux que les journaux classiques : les articles sont revus par des pairs. Donc la qualité est là et la seule différence avec les journaux classiques est le modèle économique avec transfert du paiement du lecteur vers l’auteur. Avec un bon système de peer review, la qualité est au rendez-vous quel que soit le modèle économique. Le mécanisme du preprint privilégie par contre la transparence, la facilité et la rapidité d’accès au dépend du contrôle de qualité. Mais les preprints ont vocation à être publiés ensuite dans des revues à comité de lecture, et la transparence supplémentaire offerte par le système de preprint permet en général d’augmenter la qualité du processus de relecture !

binaire : De 30 à 40% du marché, c’est déjà une victoire ! Quel est le panorama mondial et quelle est la position de la France sur l’open access ?

SMCL : Oui. Ça progresse bien et l’open access finira par s’imposer. C’est le sens de l’histoire.

L’Europe est assez leader sur ces thématiques, ce qui est récent et n’a pas toujours été le cas. Il faut rappeler que les principaux éditeurs sont européens (britanniques, néerlandais et allemands), donc ils ont forcément voix au chapitre en termes de lobbying. La commission européenne est un lieu d’affrontement entre les parties. L’Amérique du sud est assez en pointe pour l’open access avec des initiatives comme SciELO ou Redalyc.

Aux États Unis, le grand entrepôt de données et d’articles médicaux (Pubmed) a été organisé par l’État avec une vraie volonté d’open data. Il y a en revanche beaucoup moins d’obligations écrites pour les chercheurs qu’en Europe ; ils publient où ils veulent, mais ils doivent publier leurs données dans Pubmed. Il y a de sérieux combats au moment des renouvellements des revues. En Europe, les éditeurs ont un argument de choc. C’est eux qui contrôlent l’historique et personne ne veut perdre l’accès à des dizaines d’années de résultats scientifiques. Aux Etats-Unis, grâce à Pubmed, c’est moins vrai.

La France est plutôt active en faveur de l’open access. La Loi sur la république numérique a levé des interdictions importantes. Le Ministère de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur est très moteur, et la nomination de Marin Dacos, un militant de l’open science, comme Conseiller science ouverte au Ministère a fait avancer les choses.

binaire : Qu’est-ce que la science ouverte apporte ?

SMCL : La promotion de modes ouverts fait diminuer la compétition, encourage la collaboration. Le travail collaboratif s’impose. Avec un meilleur accès, plus précoce, aux résultats d’autres chercheurs, on peut plus facilement faire évoluer cette recherche. En travaillant sur des données ouvertes, on peut plus facilement travailler ensemble.

Prenons une problématique importante, celle de l’évaluation des chercheurs, qui conditionne le recrutement et les promotions. Le fait d’aller vers de l’open science et de l’open data, conduit à modifier ce processus d’évaluation. Par exemple, si un chercheur met à disposition un jeu de données que tous exploitent pendant des années, son impact en termes de recherche peut être immense, et ce même s’il n’a que peu publié. Il faut modifier l’évaluation pour qu’elle tienne compte de son apport à la communauté.

Évidemment, cela dépend beaucoup du domaine. On ne va pas offrir un large électron-positron collisionneur à chaque groupe qui a envie de faire de la physique des particules. Donc forcément, dans ce domaine, les données doivent être par nature partagées. En revanche, dans d’autres domaines où les expériences sont plus petites et où potentiellement les applications industrielles sont plus rapides, les choses auront tendance à être plus fermées.

Et puis, on n’a pas forcément à choisir entre tout ouvert ou tout fermé. Dans le travail qu’Opscidia fait pour la commission européenne, la commission veut croiser des données sur le financement des projets avec des données scientifiques publiques. Cela n’oblige évidemment pas la commission à ouvrir ses données sensibles.

binaire : Du côté logiciel libre, de nombreuses associations et quelques organisations, fédèrent la communauté. Est-ce pareil pour l’open access ?

SMCL : Les militants de l’open science sont le plus souvent des fonctionnaires et des chercheurs académiques. Ils s’appuient sur des institutions comme le Comité pour la science ouverte. Ce comité, organisé par le ministère, réalise un travail considérable. Il fédère de nombreux acteurs publics qui ont chacun leur spécificité et leur apport. Malgré le militantisme, on reste dans un cadre assez institutionnel.

binaire : Est-ce qu’il y a un pape de l’open access, un équivalent de Richard Stallman pour le logiciel libre ?

SMCL : De nombreuses personnes ont eu un grand impact sur ce domaine. On peut peut-être citer Aaron Swartz, un peu le martyr de l’open access ou Peter Suber qui a fait beaucoup pour populariser l’approche mais à notre sens, l’Open Access reste avant tout une affaire aux mains des communautés de recherche et des chercheurs individuels sur le terrain.

Serge Abiteboul, Inria et ENS, Paris, François Bancilhon sérial-entrepreneur